《孙子兵法》在阐述战争特点、揭示战争规律、描述战争行为时所蕴涵的丰富的系统管理思想，具有一般方法论的基本特征。
一、经之以五的整体观
战争作为人类的暴力对抗形式，包含着谋划、指挥、组织、协调和控制等管理因素。从一定意义上说，战争是人类最富有技巧的一种特殊的系统管理活动。孙武把战争作为一个系统，运用系统思想和方法，对战争的各个层次、各个方面及其相互联系，做了切实细致的系统分析。在此基础上，确立了“经之以五”的战争整体观，并倡导“形”“势”并举的用兵之道。
系统考察战争胜负的重要因素是军事决策的基础。孙武强调在战争决策之前，要对影响战争的所有重要因素做系统综合分析和比较。“经之以五，校之以计，而索其情”。孙武把战争作为一个系统，在战争总体上的宏观论证与战争进程中的微观指导两个层次上，对敌我双方各种条件进行分析比较，从而预测战争的前途和结局。这种方法，从客观上考虑到了事物的因果关系，触及到了战争发展的必然性，具有朴素的系统辨证思想。“经之以五”、“校之以计”的多因素综合制胜论，深刻地揭示出战争不是孤立的行为，而是一个多因素构成的系统。诸因素之间相互联系，相互作用，形成一个统一的整体。同时又处在一个更大的自然和社会系统之中。所以，决策时不能简单地以战论战，而要把军事、政治、经济、天文、地理、外交乃至将帅和法制等各种因素作为决定战争胜负的基本条件，并把它们看成是相互联系、相互作用的系统管理过程。此外又把战争的主观指导，即主体的运筹、决策、组织、指挥等管理素质，作为分析和把握敌我双方的优劣、态势的基本依据，从而得出战争制胜的一系列战法。“经之以五”的系统整体观中的许多原则，至今仍具指导意义。
“形”“势”并重，提高整体作战能力。“五经”、“七计”是决定战争胜负的基本条件，它们只是战争制胜的潜在因素或能力。要决定战争结局的实际胜负，还必须充分创造和调动有利因素。孙武的“形”论和“势”论将这一思想发挥得淋漓尽致。孙武认为，战前所具有的优势或劣势不是固定不变的。战场上实际的强弱取决于形，“强弱，形也”。“故善动敌者，形之”。求形，就是采取集中兵力，避实就虚，因敌制胜，巧计动敌等方法，通过兵力的合理部署、物资的有效配置、队形的优化布局、作战方案的巧妙设计所形成的动态的兵形结构，在物质力量上造成敌弱我强的态势，以达到分解敌人整体作战力量，构成己方实际战场的优势。如果说“形”论着眼于兵力调度和作战部署，以促使有形的物质实力的增强，那么“势”论则着眼于兵员情绪和战斗意志，以促使无形的精神力量的提升。孙武认为，“人情之理，不可不察”。部队的精神状态与士气，官兵的战斗意志与心理，对战争的胜负起着极为重要的作用。这种精神力量取决于“势”。“勇怯，势也”。“故善战者，求之于势，不责于人”。“势者，所以令士必斗也”。造势，就是要采用投之于险，奇正之变，击起惰归，圆形布兵等方法，通过选择、改变或创造环境，使部队处于一种特定的关系或环境之中，从而与敌在某些方面形成强烈的对比，出现巨大的反差，产生尖锐的矛盾。在这种条件下，部队将会情绪激奋，士气高昂，意志坚强，作风勇猛，从而形成一股不可阻挡的精神力量，使部队整体作战能力得到极大的提高。
二、动而胜人的认知观
孙武的系统认知观，重视对军事信息的搜集、分析和利用，强调尽知、善知和先知。
尽知是致战求胜的前提。“故知兵者，动而不迷，举而不穷”。战争制胜必须以充足的信息为前提。大到“五经”、“七计”，小到“知战之地，知战之日”、“人情之理”等。从宏观到微观，从现象到本质。要极尽知晓与战争有关的一切情况，“凡军之所欲击，城之所欲攻，人主所欲杀，必先知其守将、左右、渴者、门者、舍人之姓名，令吾间必索知之”，以此作为用谋、致战、求胜的基础。孙武用“知彼知己者，百战不殆”，“不知彼不知己，每战必殆”这一举世名言，把“知”的问题与战争的胜负直接联系起来，充分肯定了信息对战争的价值，揭示了信息是实现全部军事管理活动的基础，信息关乎生死成败。
善知是目标实现的基础。善知，就是对信息的获取要做到全面、详尽、快速和真实。为促进作战目标的实现，要及时搜集敌人的各种反应、新的作战企图和兵力动向；要根据形兵、求势、处军、动敌和协同等活动，及时获取、补充、核实和完善相关信息；要不断追踪敌我双方的运动和发展趋势，适时调整行动方案，确保系统目标的实现。要做到“善知”，就要在瞬息万变的情况下，通过“众树动者，来也；众草多障者，疑也；鸟起者，伏也；兽骇者，覆也”等前线侦察的方法和“五间俱起”等间谍手段，洞悉秋毫，察微知著，辨识真伪，判明虚实。从整体的谋划运筹，到具体的战术运用，都要把“善知”置于首位。
先知是未战先胜的依据。“先知”即在事发之先，提前掌握和明了有关敌人的一切情况。最为可贵的是先知。先知是先胜而后战的先决条件，先知是军争、九变的内在要求。只有先知，才能举而不穷，动而不迷。在这里，孙武为信息的价值提出了一条重要标准，即信息的时效性。信息滞后，就失去了决策价值和指挥功能。为达到先知，除了要设法事先获得有关敌人的情报外，还要严守自己的军事秘密，并以假情报欺骗敌人，以诱敌进人我方的战略轨道。这实际上是另一种形式的先知。为此，孙武提出要“能而示之不能，用而示之不用，近而示之远，远而示之近”，以达到“深间不能窥，智者不能谋”的目的。这一思路与控制论的创始人维纳的观点有异曲同工之妙。维纳在《人有人的用处》一书中写到：“保密、消息堵塞和欺骗，这一切技术都是为了保证自己一方能够比对方更加有效地使用通信力量和通信手段。在这样一场使用信息的战斗中，保持自己一方的通信通路的开放和妨碍对方所支配的通信通路的利用具有同等重要的意义。”
三、庙算为先的运筹观
孙武基于对“兵者，国之大事，死生之地，存亡之道，不可不察也”的认识，提出了在用兵之前要对战争的前途和结局进行分析和谋划，并把这一活动称之为“庙算”。
庙算以定量分析为基础。《计篇》之“计”，首先具有计算之意。“计者，选将，量敌，度地，料卒，远近，险易，计于庙堂者也”。孙武强调在战争和作战行动之前，要对决定战争胜负的诸多因素进行定量分析。
“夫未战而庙算胜者，得算多也；未战而庙算不胜者，得算少也”。基本方法就是，按照“五经”、“七计”的范围，对敌我双方的各种条件进行定量分析和比较。同时，对兵力运用、后勤补给、军费开支、行军日程和路线等内容，都要做出较详细的数量说明。以此对战争的前途和结局有一个大体符合实际的预测，从而为制定战争指导原则和用兵策略提供数量依据。“吾以此观之，胜负见矣”。
庙算以运筹谋划为先导。庙算的实质是决策，庙算的精华是运筹谋划。所谓“得算多”，决不仅仅指在“五经”、“七计”的一般比较中得分多，而是指所制定的战略决策和作战计划正确性高，付诸实施能达到目的的可能性大。可见，战前对彼己双方做如实的估量，进行量的比较，无疑是极其重要的，但这仅仅是决策的前提和基础。更为重要的是在此基础上，深思苦虑，运筹谋划，制定具体的作战计划，发挥自己的优势，寻找对方的弱点，合理部署用兵，变不利为有利，从而达到出奇制胜的目的。
四、合文齐武的治军观
《孙子兵法》从五德兼备的治将标准，到文武兼施的管教思想，从恩威并用的带兵之道，到赏罚严明的治军原则，内容丰富，观点精辟，思想完善，哲理深刻，形成了完整系统的治军思想。
五德兼备是择将标准。孙武的“将者，智、信、仁、勇、严”的思想，着眼指挥和管理对将的作用、地位、条件和要求等方面，提出了将帅应具备的内在要素，即素质结构。这五个方面相互联系，相互影响，相互制约，构成一个统一的系统整体。任何一个要素质量的好坏，任何一个要素的改变，都会对将帅的整体素质结构产生影响。因此，孙武认为五者兼备，各运其用，则可为将。这一思想的意义在于，“五者”不全或“五者不相匹配”，都不利于将帅实施有效的指挥和管理。
合文齐武是管教的核心。孙武的“合之以文，齐之以武”的观点，一方面强调“视卒如爱子”，通过思想教育和关怀爱护，加强内部团结，统一思想，统一步调，提高作战士气。另一方面注重严明军纪，依据“曲制、官道、主用”，即军队的组织编制、将吏的统辖节制及职责分工、军需费用等管理方面的制度，依法严格管理，统一军令，使上下有所遵循，从而达到“齐勇若一”、”携手若使一人”的目的。为此，只有坚持教养一致、教管一致的原则，才能提高管教的效果。
赏罚严明是治军的基本原则。注重“赏”和“罚”是孙武治军思想的重要内容。他把赏罚提高到攸关战争胜负的重要地位，并提出一系列精辟的原则和方法。对于“赏”，既要赏禄作战有功人员，以激励作战士气，又要“施无法之赏，悬无政之令”。对法令、条令乃至政令还未及规定的奖励，在特殊情况下可打破常规，以适应瞬息万变的战争环境。对于“罚”，孙武主张以爱护和教育为主，以军法惩处为辅：“卒未亲附而罚之，则不服，不服则难用也。卒已亲附而罚不行，则不可用也”。孙武强调，赏罚的出发点是为了激励部队的作战士气，因此他坚决反对滥施赏罚。“数赏者，窘也；数罚者，困也”。指出滥施赏罚，于事无补，也极不高明。